Les atomes sont-ils colorés? Pas du tout! Ce sont les substances qui sont colorées et cette couleur est due à leurs molécules. On a choisi des couleurs conventionnelles pour les atomes uniquement pour les distinguer sur les dessins qu'on en fait! Prenons l'exemple de la molécule d'urée (constituant de l'urine):
Elle renferme 2 atomes d'azote (N), 4 atomes d'hydrogène(H), 1 atome de carbone (C) et 1 atome d'oxygène(O). Si les atomes étaient colorés, l'urée aurait sans doute une couleur brune-verdātre, mélange de bleu, rouge et noir. Or l'urée est un solide parfaitement blanc!