Tout groupe d'atomes qui confère à la molécule des propriétés caractéristiques s'appelle fonction.
Si une molécule possède plusieurs fonctions, une des fonctions doit être placée en suffixe prioritaire (sauf les halogénures d'alkyle), toutes les autres en préfixe. La nomenclature des fonctions ainsi que l'ordre de priorité pour le suffixe prioritaire (de haut en bas) sont donnés par le tableau suivant:
Remarques: - Seulement dans les cas marqués d’un astérisque *, le carbone de la fonction ne fait pas partie de la chaîne principale ( voir des details ici ). Par exemple, OHCCO(NH2) est la formylméthanamide (en bleu la chaîne principale) et non la formyléthanamide. - Il existe trois (!) systèmes de nomenclature des amines ( voir des details ici ).