Modèles moléculaires- Jsmol

Le Javascript JSmol est capable de représenter des modèles moléculaires soit - chargées à partir de banques de données - soit dont les données lui sont fournies dans des formats divers, par exemple .pdb , .mol ou .sdf

Préparatifs

Téléchargement de JSmol - Téléchargez la dernière version de Jmol (pas JSmol !!)→   ici comprimée au format >.zip - Pour décomprimer utilisez éventuellement →   7-zip

Mise en place de JSmol

- Vous tomberez d'abord sur un répertoire Jmol. Ouvrez-le. Vous voyez ensuite un sous-répertoire jsmol. Ouvrez-le. Vous voyez encore un sous-sous-répertoire jsmol. Ouvrez-le. (Confusing!!). Vous verrez des fichiers et des sous-répertoires. - Copiez (CTRL C ou STRG C) le fichier JSmol.min.js et introduisez-le dans votre sous-répertoire js/ - Créez sur votre site un répertoire jsmol/ - Copiez les sous-répertoires j2s/ et idioma/ . Introduisez-les comme sous-répertoires dans votre répertoire jsmol/ nouvellement créé. - Crééz dans votre répertoire jsmol/ un sous-répertoire data/ - Introduisez-y des fichiers de molécules dans le format .pdb , .mol ou .sdf que vous pouvez obtenir dans une banque de données, par exemple →    Pubchem. Si vous voyez après que le format n'est pas accepté, vous pouvez toujours le transformer à l'aide de →    Openbabel

Insertion dans HTML

Molécules prélevées dans une banque de données - Regardez un fichier-type →   ici - Copiez ce fichier, portez-le dans l'éditeur et enregistrez-le dans votre répertoire principal comme fichier .html avec un nom que vous choisirez - Voyez comment devrait fonctionner ce fichier dans un navigateur →   ici - Essayez d'introduire des noms anglais de molécules p.ex. water !

Molécules prélevées dans votre répertoire data/ - Regardez un fichier-type →   ici - Copiez ce fichier, portez-le dans l'éditeur et enregistrez-le dans votre répertoire principal comme fichier .html avec un nom que vous choisirez. - Voyez comment devrait fonctionner ce fichier dans un navigateur →   ici - Au lieu de caffeine.mol vous pouvez évidemment y introduire une autre molécule que vous aurez enregistrée dans data/

Les fonctions principales de JSmol - Amusez-vous avec la page que →   voici - N'oubliez pas que vous pouvez obtenir le fichier HTML correspondant à l'aide de la touche droite de votre souris! Vous l'introduirez dans Notepad++ . en le sélectionnant en entier (CTRL A) . en le copiant (CTRL C) . en le collant dans Notepad++ (CTRL V) N'oubliez pas l'encodage utf-8 avant de l'enregistrer!! - Pour le fairer fonctionner avec une autre molécule, vous n'avez qu'à remplacer _glucose.mol par le fichier correspondant que vous aurez enregistré dans data/ - Un listing complet des fonctions JSmol est →   ici